À quelle vitesse le coronavirus peut-il muter?

Le nouveau coronavirus, comme tous les autres virus, mute ou subit de petits changements dans son génome. Une étude récemment publiée a suggéré que le nouveau coronavirus, SARS-CoV-2, avait déjà muté en une souche de plus et une souche moins agressive. Mais les experts ne sont pas convaincus.

Les chercheurs ont trouvé le type "L", qu'ils jugeaient le plus agressif, dans 70% des échantillons de virus. Ils ont également constaté que la prévalence de cette souche avait diminué après début janvier. Le type le plus couramment trouvé aujourd'hui est le plus ancien, le type "S", car "l'intervention humaine" telle que les quarantaines peut avoir réduit la capacité du type "L" à se propager, ont écrit les chercheurs dans l'article.

Cependant, Nathan Grubaugh, un épidémiologiste à la Yale School of Public Health qui ne faisait pas partie de l'étude, a déclaré que les conclusions des auteurs étaient de la "pure spéculation". D'une part, a-t-il dit, les mutations auxquelles les auteurs de l'étude ont fait référence étaient incroyablement petites - de l'ordre de quelques nucléotides, les éléments de base des gènes, a-t-il déclaré. (Le SRAS-CoV-2 fait environ 30 000 nucléotides de long).

Ces légères modifications n'auraient probablement pas d'impact majeur, voire aucun, sur le fonctionnement du virus, il serait donc «inexact» de dire que ces différences signifient qu'il existe différentes souches, a-t-il déclaré. De plus, les chercheurs n'ont examiné que 103 cas. "Il s'agit d'un très petit ensemble d'échantillons de la population totale de virus", a déclaré Grubaugh à Live Science. Déterminer les mutations subies par un virus dans le monde nécessite "des efforts non négligeables et parfois des années", a-t-il déclaré.

D'autres scientifiques sont d'accord. La découverte que le coronavirus mute en deux souches avec la souche L conduisant à une maladie plus sévère "est très probablement un artefact statistique", a écrit Richard Neher, biologiste et physicien à l'Université de Bâle en Suisse, sur Twitter. Cet effet statistique est probablement dû à un échantillonnage précoce du groupe L à Wuhan, entraînant un taux de létalité "plus élevé", a-t-il écrit.

Quand une épidémie locale se développe rapidement, les scientifiques échantillonnent rapidement les génomes viraux des patients, ce qui entraîne la surreprésentation de certaines variantes du virus, a écrit Neher. Les auteurs de l'article reconnaissent que les données de leur étude sont "encore très limitées" et ils ont besoin d'un suivi avec des ensembles de données plus importants pour mieux comprendre comment le virus évolue, ont-ils écrit.

"Nous ne devons pas nous inquiéter"

Sachant que de tels articles seraient publiés lors de cette épidémie, Grubaugh a publié un commentaire dans la revue Nature Microbiology le 18 février avec le titre "Nous ne devrions pas nous inquiéter quand un virus mute lors d'épidémies."

Le mot mutation "évoque naturellement des craintes de changements inattendus et bizarres", écrit-il. "En réalité, les mutations font naturellement partie du cycle de vie du virus et ont rarement un impact spectaculaire sur les épidémies." Les virus à ARN, ou ceux qui ont l'ARN comme principal matériel génétique au lieu de l'ADN, y compris le SARS-CoV-2, mutent constamment et n'ont pas les mécanismes pour corriger ces "erreurs", comme le font les cellules humaines, par exemple.

Mais la plupart de ces mutations affectent négativement le virus. Si les mutations ne sont pas bénéfiques pour le virus, elles sont généralement éliminées par sélection naturelle, le mécanisme d'évolution par lequel les organismes mieux adaptés à leur environnement ont tendance à survivre. D'autres mutations survivent et s'intègrent dans le génome "moyen" d'un virus.

Typiquement, plusieurs gènes codent pour des traits tels que la gravité d'un virus ou sa capacité à se transmettre à d'autres personnes, a écrit Grubaugh. Ainsi, pour qu'un virus devienne plus grave ou se transmette plus facilement, plusieurs gènes devraient muter. Malgré les taux élevés de mutation parmi les virus en général, il est inhabituel de trouver des virus qui modifient leur mode de transmission entre humains sur des échelles de temps aussi courtes, a-t-il écrit.

Alors, qu'est-ce que tout cela signifie pour le développement d'un éventuel vaccin?

Ces virus "sont encore si génétiquement similaires que ces mutations ne devraient pas altérer un nouveau vaccin", a déclaré Grubaugh. Il est "peu probable que les développeurs aient à s'en soucier". Une fois le vaccin sorti, cependant, le virus pourrait s'y adapter et développer une résistance, a-t-il déclaré, mais considérant que d'autres virus à ARN - tels que ceux qui causent la rougeole, les oreillons et la fièvre jaune - n'ont pas développé de résistance aux vaccins, ce scénario est peu probable.

En fait, ces mutations aident les scientifiques à retracer les étapes du virus, a déclaré Grubaugh.

Par exemple, un groupe de chercheurs au Brésil a récemment isolé le SRAS-CoV-2 de deux patients confirmés comme ayant COVID-19 et séquencé les génomes complets des deux échantillons du virus. Ils ont découvert que non seulement les génomes différaient les uns des autres, mais qu'ils étaient également très différents des génomes des échantillons de virus séquencés à Wuhan, en Chine, ont écrit les chercheurs dans un rapport qui n'a pas été évalué par les pairs mais publié sur un forum. le 28 février.

Le coronavirus prélevé sur un patient au Brésil avait un génome similaire à celui d'un virus séquencé en Allemagne, et le virus du deuxième patient ressemblait à celui du coronavirus au Royaume-Uni. Cela signifie que ces deux patients sont liés à des cas en Europe mais pas l'un à l'autre, a déclaré Grubaugh.